江蘇疾控首次鑒定一種新型環(huán)狀單鏈DNA病毒
中國微生物菌種查詢網(wǎng) 來源：生物探索 / 2016-12-16 08:25:02
該病毒是我中心病原所對今年9月27日江蘇出入境檢驗(yàn)檢疫局送檢的一例從新加坡回國的發(fā)熱病人咽拭子樣本進(jìn)行病原體檢測后所得。病原所實(shí)驗(yàn)室人員通過對送檢樣本用高通量測序技術(shù)檢測發(fā)現(xiàn)其中含有一種新型環(huán)狀單鏈DNA病毒片段，后根據(jù)高通量測序reads序列設(shè)計特異引物，對病人咽拭子樣本進(jìn)行PCR擴(kuò)增，產(chǎn)物經(jīng)過sanger測序、序列組裝，于10月26日獲得該病毒全長基因序列3018nt。
該病毒基因組含2種主要開放讀碼框（ORFs），分別編碼復(fù)制酶蛋白Rep和衣殼蛋白Cap；有2個基因間隔區(qū)，其中大的間隔區(qū)含有環(huán)狀病毒特征性莖環(huán)結(jié)構(gòu)。與該病毒最相似的為豬糞相關(guān)的環(huán)狀病毒5（porcinestool-associatedcircularvirus5(PoSCV5),isolateCP3），編碼蛋白氨基酸序列相似性約為43%和50%，進(jìn)化分析揭示這2種編碼蛋白分別與環(huán)狀病毒科及未分類的環(huán)狀單鏈DNA病毒聚為一類，疑似為一種新型病毒。初步將該病毒命名為HumanPoSCV5-likecircularvirus(isolateMRJ)，基因組序列已遞交GenBank數(shù)據(jù)庫（Accessionno.KY052047)。
對病人的尿、血和唾液樣本進(jìn)一步檢測發(fā)現(xiàn)，唾液中可以檢測出，而尿和血液中檢測不到。豬糞相關(guān)的環(huán)狀病毒可引起豬腹瀉，人未見感染報道。其他種屬的環(huán)狀單鏈DNA病毒有在多發(fā)性硬化癥病人的腦積液和血清、心包炎病人的心包液及腦炎病人的腦積液檢測出的報道，但是與疾病的聯(lián)系均不能確立。該新型環(huán)狀單鏈DNA病毒與病例所患疾病的關(guān)聯(lián)還不明確。
目前，實(shí)驗(yàn)室正對樣本進(jìn)行病毒分離培養(yǎng)，以便開展下一步的研究工作。該新型環(huán)狀單鏈DNA病毒為世界首次鑒定，體現(xiàn)了江蘇疾控中心不明原因疾病鑒定能力的進(jìn)一步提升。