質粒組成要素
一個合格的質粒含有以下組成部分：
復制起始位點 Ori 即控制復制起始的位點。原核生物 DNA 分子中只有一個復制起始點。而真核生物 DNA 分子有多個復制起始位點。
抗生素抗性基因 可以便于加以檢測，如 Amp+ 、Kan+。
多克隆位點 MCS 克隆攜帶外源基因片段
P/E 啟動子/增強子
Terms 終止信號
加 poly（A）信號 可以起到穩(wěn)定 mRNA 作用
如何閱讀質粒圖譜
第一步：首先看 Ori 的位置，了解質粒的類型（原核/真核/穿梭質粒）。
第二步：再看篩選標記，如抗性，決定使用什么篩選標記。
Ampr 水解β－內酰胺環(huán)，解除氨芐的毒性。
tetr 可以阻止四環(huán)素進入細胞。
camr 生成氯霉素羥乙?；苌铮怪ザ拘?。
neor（kanr）氨基糖苷磷酸轉移酶 使 G418（長那霉素衍生物）失活
hygr 使潮霉素β失活。
第三步：看多克隆位點（MCS）。具有多個限制酶的單一切點。便于外源基因的插入。如果在這些位點外有外源基因的插入，會導致某種標志基因的失活，而便于篩選。決定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源 DNA 插入片段大小。質粒一般只能容納小于 10Kb 的外源 DNA 片段。一般來說，外源 DNA 片段越長，越難插入，越不穩(wěn)定，轉化效率越低。
第五步：是否含有表達系統(tǒng)元件，即啟動子－核糖體結合位點－克隆位點－轉錄終止信號。這是用來區(qū)別克隆載體與表達載體。克隆載體中加入一些與表達調控有關的元件即成為表達載體。選用那種載體，還是要以實驗目的為準繩。
增強子/沉默子－為真核基因組（包括真核病毒基因組）中的一種具有增強鄰近基因轉錄過程的調控順序。其作用與增強子所在的位置或方向無關。即在所調控基因上游或下游均可發(fā)揮作用。/沉默子－負增強子，負調控序列。
核糖體結合位點/起始密碼/SD 序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA 有核糖體的兩個結合位點，對于原核而言是 AUG（起始密碼）和 SD 序列。
轉錄終止順序（終止子）/翻譯終止密碼子：結構基因的最后一個外顯子中有一個 AATAAA 的保守序列，此位點 down－stream 有一段 GT 或 T 富豐區(qū)，這 2 部分共同構成 poly（A）加尾信號。結構基因的最后一個外顯子中有一個 AATAAA 的保守序列，此位點 down－stream 有一段 GT 或 T 富豐區(qū)，這 2 部分共同構成 poly（A）加尾信號。
為什么質粒圖譜上有的箭頭順時針有的箭頭逆時針，那其實是代表兩條 DNA 鏈，即質粒是環(huán)狀雙鏈 DNA，它的啟動子等在其中一條鏈上，而它的抗性基因在另一條鏈上。
如何選擇載體
把一個有用的基因（目的基因——研究或應用基因）通過基因工程手段送到生物細胞（受體細胞），需要運載工具（交通工具）攜帶外源基因進入受體細胞，這種運載工具就叫做載體（vector）。
P.S. 基因工程所用的 vector 實際上是 DNA 分子，是用來攜帶目的基因片段進入受體細胞的 DNA。
選擇載體主要依據(jù)構建的目的，同時要考慮載體中應有合適的限制酶切位點。如果構建的目的是要表達一個特定的基因，則要選擇合適的表達載體。
載體選擇主要考慮下述 3 點：
1. 構建 DNA 重組體的目的，克隆擴增/表達表達，選擇合適的克隆載體/表達載體。
2. 載體的類型：
克隆載體的克隆能力－據(jù)克隆片段大小（大選大，小選?。?。如<10kb 選質粒。
表達載體據(jù)受體細胞類型－原核/真核/穿梭，E.coli/哺乳類細胞表達載體。
對原核表達載體應該注意 3 點：選擇合適的啟動子及相應的受體菌；用于表達真核蛋白質時注意克服 4 個困難和閱讀框錯位；表達天然蛋白質或融合蛋白作為相應載體的參考。
3. 載體 MCS 中的酶切位點數(shù)與組成方向因載體不同而異，適應目的基因與載體易于鏈接，不產生閱讀框架錯位。
無論選用哪種載體，首先都要獲得載體分子，然后采用適當?shù)南拗泼笇⑤d體 DNA 進行切割，獲得分子，以便于與目的基因片段進行連接。