1，尋找疾病組和健康組間腸道菌群的差異：
分別采集健康人群和疾病人群的糞便樣本，比較健康組和疾病組之間腸道菌群的差異，尋找與疾病相關(guān)的marker，這是目前最典型的研究方法；
2，研究藥物或飲食干預(yù)群體的腸道菌群：
分別采集藥物或飲食干預(yù)前、后的群體的糞便樣本，比較個體在不同干預(yù)階段的腸道菌群的差異；
3，同一群體、不同生長發(fā)育時期的腸道菌群：
如分別采集嬰兒出生后0個月、4個月、12個月等時間的糞便樣本，對嬰幼兒的腸道菌群進行研究；
4，研究某一疾病發(fā)生發(fā)展進程中的群體的腸道菌群：
如分別選擇健康人、結(jié)直腸腺瘤患者（大部分的結(jié)直腸癌由腺瘤演變而來）、結(jié)直腸癌患者群體，研究與結(jié)直腸癌疾病進程相關(guān)的marker；
5，研究同一群體多個身體部位的微生物：
如分別選取同一人群的糞便、唾液、牙菌斑等樣本進行關(guān)聯(lián)分析。
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