對于樣品的保存，低溫凍存保護可能有助于樣品的保存。在比較儲存樣品和新鮮樣品中的微生物組成之前，可以采用一種快速的方法，來評估保護劑的作用，那就是檢測一下樣品DNA的量，如果DNA量不足，那么你采用的方法也許并不適用于這種微生物的保存。
RNAlater最初是作為一種RNA保存劑，由Qiagen和Thermo Fisher等廠家開發(fā)出來的，現(xiàn)在也可以用于保存DNA。
RNAlater是特殊的樣品儲存液，只要在采樣后立即將新鮮樣品浸入這種液體試劑，RNlater可以迅速滲透到組織或其他生物樣本中，穩(wěn)定并保護RNA完整而不被降解，確保下游分析得到的數(shù)據(jù)真實反應樣品的表達信息。
人類微生物組計劃(Human Microbiome Project)的參與研究人員，來自哈佛大學的計算生物學家Curtis Huttenhower與他的同事們發(fā)現(xiàn)在樣品收集后，如果沒有冰箱，那么可以加入這種保護劑使用。
不過一些用戶也報告了RNAlater的缺陷，雖然RNAlater可以用于樣品運輸，但是這種保護劑會降低Bacteroidetes和Ruminococcaceae兩種細菌新鮮提取后的菌群數(shù)量。另外就是如果想獲得樣品高RNA產(chǎn)量，那么就必須先將其去除。Ganz表示，“RNAlater會妨礙樣品正常形成顆粒沉淀，因此在去除RNAlater之后，還必須磷酸鹽緩沖液進行清洗?！?br />
此外，Woods Hole海洋研究所海洋生物化學家Mak Saito也指出，RNAlater還有一個問題，那就是其高鹽含量，因此在一些實驗中會令樣品清洗成為問題。Saito曾采用這種溶液保存海洋微生物組中的蛋白組成。
對于一些類型的實驗樣品來說，如果加入低溫凍存保護劑就會大幅度改變微生物組成，這樣做劃不來，比如土壤樣品。而對糞便樣品而言，有時低溫凍存也許并不合適，比如說，用于治療艱難梭菌感染的樣品能在室溫下保存長達6個小時，而且還不會引起治療療效發(fā)生顯著變化。
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