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我國真菌簡直是數(shù)不勝數(shù)，據(jù)科學家初步統(tǒng)計國真菌的總數(shù)約為10萬~25萬，可分成：鞭毛菌亞門（Mastigomycotina），接合菌亞門（Zygomycotina），子囊菌亞門（Ascomycotina），擔子菌亞門（Basidiomycotina），半知菌亞門(Deuteromycotina)五個亞門。下面小編逐一給大家介紹一下這五個亞門。
一、子囊菌亞門（Ascomycotina）
真菌中最大的一個亞門，大約有1.5萬種。營養(yǎng)體除酵母菌為單細胞外，大多數(shù)具發(fā)達的菌絲體，菌絲體有橫隔。產(chǎn)生有性孢子（子囊孢子）。其中的脈孢菌屬(Neurospora)和酵母菌屬(Saccharomyces)為遺傳學家特別熟悉。酵母菌是迄今為止應用最廣的真菌。釀酒酵母(S. cerevisiae)廣泛用于啤酒和葡萄酒的發(fā)酵生產(chǎn)，也用于面包制作等方面。
二、鞭毛菌亞門（Mastigomycotina）
產(chǎn)生具鞭毛的無性孢子，以單細胞個體或具無橫隔的菌絲存在。典型代表為致病疫霉(Phytophora infestans)，可引起馬鈴薯晚疫病。另一代表Rhizophlyctis rosea為土壤中常見纖維素分解菌。
三、半知菌亞門(Deuteromycotina)
由于只了解其生活周期的一半，故名。營養(yǎng)體結(jié)構(gòu)為單細胞或有隔菌絲，以分生孢子進行無性繁殖。此亞門中的某些屬具可觀的經(jīng)濟價值，如青霉屬(Penicillium)和曲霉屬(Aspergillus)。
黑曲霉(A. niger)用于生產(chǎn)檸檬酸和葡萄糖酸。米曲霉(A. oryzae)在食品工業(yè)中通過發(fā)酵大米和黃豆來生產(chǎn)淀粉水解酶和蛋白水解酶。
點青霉(P.notatum)是用于生產(chǎn)青霉素的第一個菌株；灰黃青霉(P.griseo-fuluvum)為灰黃霉素的生產(chǎn)菌，主要用于治療被真菌感染的皮膚或指甲疾病
四、接合菌亞門（Zygomycotina）
能產(chǎn)生不游動的無性孢子（接合孢子）；菌絲無隔膜。重要代表菌為土壤中的腐生菌，如毛霉(Mucor)、根霉(Rhizopus)。黑根霉(R.nigrocans)長期以來用于檸檬酸的生產(chǎn)。
五、擔子菌亞門（Basidiomycotina）
營養(yǎng)體為單細胞或有隔菌絲，產(chǎn)生有性孢子（擔孢子）。著名的食用菌（mushroom）大多屬于擔子菌，能在有機復合肥上進行商品化生產(chǎn)。