中國(guó)微生物菌種查詢網(wǎng)野生的大腸桿菌（E.coli）的基因組DNA中有470萬(wàn)個(gè)堿基對(duì)（bp)，內(nèi)含4288個(gè)基因。E.coli基因組中還包含有許多插入序列，如λ-噬菌體片段和一些其他特殊組份的片段，這些插入的片段都是由基因的水平轉(zhuǎn)移和基因重組而形成的，由此表明了基因組具有它的可塑造性。利用大腸桿菌基因組的這種特性對(duì)其進(jìn)行改造，使其中的某些基因發(fā)生突變或缺失，從而給大腸桿菌帶來(lái)可以觀察到的變化，這種能觀察到的特征叫做大腸桿菌的表現(xiàn)型 (Phenotype)，把引起這種變化的基因構(gòu)成叫做大腸桿菌的基因型（Genotype)。具有不同基因型的菌株表現(xiàn)出不同的特性。這些不同基因型特性的菌株在基因工程的研究和生產(chǎn)中具有廣泛的應(yīng)用價(jià)值。
大腸桿菌基因型的表示方法有如下幾種：
1．根據(jù)基因產(chǎn)物或其作用產(chǎn)物的英文名稱的第一個(gè)字母縮寫成三個(gè)斜體字母來(lái)表示。
例如：DNA Adenine Methylase→dam。
2．變異基因不同，導(dǎo)致的結(jié)果相同時(shí)，用其作用結(jié)果的英文名稱的前三個(gè)字母斜體后加上一個(gè)大寫字母來(lái)表示區(qū)別。
例如：Recombination→recA、recB、recC。
3．某個(gè)基因或某個(gè)領(lǐng)域缺失時(shí)，在其基因型前面加上“Δ”表示。
例如：lac-proAB基因缺失時(shí)它的基因型表示為Δ(lac-proAB)。
4．野生的大腸桿菌具有F因子（質(zhì)粒）和噬菌體插入片段，當(dāng)這些質(zhì)?；蚴删w片段變異或缺失時(shí)，用（ )”或“/”等以區(qū)別。
例如：/F' [traD36、proAB、lacIq、lacZΔM15]。
5．由于某種基因的變異導(dǎo)致大腸桿菌可以明顯觀察到特征變化，有時(shí)也用其表現(xiàn)型代替基因型進(jìn)行表示。
例如：某些抗藥性的獲得或喪失，用如下方式表示：Streptomycin抗性→Str +或Strr，Ampicillin敏感性→Amp-。 (第一個(gè)字母要大寫,“+”或“r”表示有抗性,“-”表示無(wú)抗性或敏感)。
6．根據(jù)某些特異性蛋白的變異及其導(dǎo)致的結(jié)果變化進(jìn)行表示。
例如：TH2菌株上有一種基因型表示如下：hsdS20 (rB-、mB-)，其中S20代表特異性識(shí)別蛋白發(fā)生變異，()中的 rB-、mB-表示由于S20的變異而導(dǎo)致B株來(lái)源的hsdR和hsdM的功能缺失。
使用時(shí)注意：
● 基因工程中，經(jīng)常使用的大腸桿菌幾乎都來(lái)自于K-12菌株，最近也經(jīng)常使用由B株及C株來(lái)源的大腸桿菌。
● 大腸桿菌B株原來(lái)就為lon-，另外MV1184株不具有琥珀抑制基因 (Amber supperssor free)，由于這些都是原始菌株所不具備的基因，因此不在基因型中加以表示，要注意。