1、培養(yǎng)基按營養(yǎng)物質(zhì)的來源可分為：
（1）天然培養(yǎng)基：由化學成分不完全明了的天然物質(zhì)組成；
（2）合成培養(yǎng)基：全部由已知化學成分的物質(zhì)組成；
（3）半合成培養(yǎng)基：由不明化學成分的天然物質(zhì)和已知化學成分的物質(zhì)組成。
2、培養(yǎng)基按物理性狀可分為：
（1）液體培養(yǎng)基：不含凝固劑，利于菌體的快速繁殖、代謝和積累產(chǎn)物；
（2）流體培養(yǎng)基：含0.05%～0.07%瓊脂粉，可降低空氣中氧進入培養(yǎng)基的速度，利于一般厭氧菌的生長繁殖；
（3）半固體：含0.2%～0.8%瓊脂粉，多用于細菌的動力觀察、菌種傳代保存及貯運細菌標本材料；
（4）固體培養(yǎng)基：含1.5%～2%瓊脂，用于細菌的分離、鑒定、菌種保存及細菌疫苗制備等多方面。
3、培養(yǎng)基按功能可分為：
（1）運輸培養(yǎng)基：在取樣后和實驗室樣品處理前的時間保護和維持微生物活性的培養(yǎng)基。運輸培養(yǎng)基中通常不允許包含使微生物的增殖的物質(zhì)，但是培養(yǎng)基應能保護菌種，確保他們不質(zhì)變 (如：Stuart 運輸培養(yǎng)基或 Amies 運輸培養(yǎng)基)。
（2）保存培養(yǎng)基：用于在一定期限內(nèi)保護和維持微生物活力，以防對微生物在長期保存中產(chǎn)生不利影響，或使微生物在長期保存后容易復蘇（如：Dorset 卵黃培養(yǎng)基）的培養(yǎng)基。
（3）復蘇培養(yǎng)基：能夠使受損或應激的微生物修復、使微生物恢復正常生長能力，但不一定促進微生物繁殖的培養(yǎng)基。
（4）增菌培養(yǎng)基：大多為液體培養(yǎng)基，能夠給微生物的繁殖提供較適當?shù)纳L環(huán)境。
①選擇性增菌培養(yǎng)基：能夠保證特定的微生物在其中繁殖，而部分或全部抑制其它菌體生長的培養(yǎng)基（如：Rappaport-Vassiliads 培養(yǎng)基）；
②非選擇性增菌培養(yǎng)基：能夠保證大多數(shù)微生物生長（如：營養(yǎng)肉湯）的培養(yǎng)基。
（5）分離培養(yǎng)基：
①選擇性分離培養(yǎng)基：支持特定微生物的生長而抑制其他微生物生長的培養(yǎng)基（如：DHL 瓊脂，EMB 瓊脂，MarConkey 瓊脂），常用的抑菌劑有膽鹽、煌綠、玫瑰紅鈉、亞硒酸鈉，常用的指示劑有溴甲酚紫、溴麝香草酚藍等，美藍是氧化還原指示劑；
②非選擇性分離培養(yǎng)基：對微生物沒有選擇性抑制的分離培養(yǎng)基（如：營養(yǎng)瓊脂）。
（6）鑒別培養(yǎng)基：能夠進行一項或多項微生物生理學和生化特性鑒定試驗的培養(yǎng)基，（如：尿素培養(yǎng)基，Kligler 瓊脂）；能夠用于分離培養(yǎng)的鑒別培養(yǎng)基被稱作為分離/鑒別培養(yǎng)基（例如XLD 瓊脂）。
（7）鑒定培養(yǎng)基：能夠產(chǎn)生一個特定的鑒定反應而不需要做進一步確認實驗的培養(yǎng)基。用于分離的鑒定培養(yǎng)基被稱為分離/鑒定培養(yǎng)基。
（8）多種用途的培養(yǎng)基：同時具有多種不同用途的特定培養(yǎng)基。例如，血瓊脂是一種復蘇培養(yǎng)基；同時又是分離培養(yǎng)基；用于溶血檢測時為鑒別培養(yǎng)基。
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