用選擇培養(yǎng)基分離微生物的方法可以歸納為：一個(gè)中心，兩項(xiàng)原則，四種途徑。
一、一個(gè)中心
每種微生物的生長都需要適宜的環(huán)境。分離出特定微生物，就是利用某種特定的物理、化學(xué)或生物環(huán)境讓該微生物能生長，而其他微生物的生長被抑制或阻止。因此，利用選擇性培養(yǎng)基分離特定微生物，其中心應(yīng)圍繞：允許某種特定微生物生長，抑制或阻止其他微生物生長。
二、兩項(xiàng)原則
1.投其所好：所需的分離對象對某種營養(yǎng)物有一特殊的“嗜好”，而其他微生物則不需要，甚至還可能很“討厭”，如果在培養(yǎng)基中專門加入該營養(yǎng)物，就可使原先極少量的篩選對象很快在數(shù)量上接近或超過原試樣中其他占優(yōu)勢的微生物，以達(dá)到富集或增殖分離對象的目的。
2.取其所抗：所需的分離對象對某種抑菌物質(zhì)具備特有的抗性，而其他微生物則沒有這種能力，那么在培養(yǎng)基中加入這種抑菌劑，經(jīng)過培養(yǎng)后，使得對抑制劑敏感的其他微生物生長受抑制，而具有抗性的特定對象則會大量增殖，從而達(dá)到分離特定微生物的目的。
三、四種途徑
1.扣除某些營養(yǎng)物質(zhì)。如培養(yǎng)基的營養(yǎng)成分中不含有蛋白胨、尿素、銨鹽、硝酸鹽等化合氮，形成缺氮培養(yǎng)基，但因空氣中含有游離的N，則可以用于培養(yǎng)自生固氮菌（如圓褐固氮菌）；如培養(yǎng)基中不加葡萄糖、麥芽糖、淀粉等有機(jī)碳源，則可以培養(yǎng)以CO2為碳源的自養(yǎng)型微生物（如藍(lán)細(xì)菌、硝化細(xì)菌等）。
2.添加某些營養(yǎng)物質(zhì)。如在培養(yǎng)基中加入一些特殊的碳源或氮源，可以分離出特定的微生物。如只加入纖維素（以纖維素為唯一碳源）可以富集、增殖能合成纖維素酶的微生物（纖維堆囊菌）；以石蠟油（或直接用原油）作為唯一碳源可以用來富集、增殖分解石油的微生物（芽孢桿菌屬的Ptr15菌）；再如用甘露醇用來富集自生固氮菌，以及用較濃的糖液來富集酵母菌，等等。
3.利用特殊理化環(huán)境。 如分離出古細(xì)菌中的極端嗜熱菌，就可以將培養(yǎng)基置于100℃左右的高溫環(huán)境中；分離出厭氧型微生物（如乳酸菌），則需要將培養(yǎng)基置于無氧環(huán)境中；分離出自養(yǎng)型微生物（如藍(lán)細(xì)菌），則需要充足的光照條件；分離極端嗜鹽菌則可以將培養(yǎng)基的NaCl濃度配制成3～4 mol/L；分離出比較耐酸的微生物（如紅曲霉菌），可以在培養(yǎng)基中加入一定量的醋酸或明礬水調(diào)節(jié)酸度，等等。
4.加入抑制性物質(zhì)。如加入放線菌酮可以將混合菌中的真菌去除，而能選擇出一般的細(xì)菌；加入四環(huán)素、氯霉素等抗生素可以將混合菌中的細(xì)菌去除，而選擇出酵母菌或霉菌等真菌；加入青霉素可以將混合菌中的真細(xì)菌去除，而選擇出古細(xì)菌；加入膽汁酸可以篩選出腸道微生物、加入疊氮化鈉（可以去除曲霉、加入山梨酸可以去除芽孢桿菌，等等。
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