微生物肥料是以微生物的生命活動(dòng)導(dǎo)致作物得到特定肥料效應(yīng)的一種制品，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用肥料的一種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑——細(xì)菌肥料——微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發(fā)展的過程。
微生物 菌肥是根據(jù)土壤微生態(tài)學(xué)原理、植物營養(yǎng)學(xué)原理、以及現(xiàn)代“有機(jī)農(nóng)業(yè)”的基本概念而研制出來的。土壤主要由礦物質(zhì)、有機(jī)質(zhì)和微生物三大部分組成，土壤微生態(tài)區(qū)系的微生物的活性大小，對植物根部營養(yǎng)非常重要，因?yàn)橥寥乐械挠幸嫖⑸镏苯訁⑴c土壤肥力的形成，包括土壤中物質(zhì)和能量的轉(zhuǎn)化、腐植質(zhì)的形成和分解、養(yǎng)分的釋放、氮素的固定等等。但純自然狀態(tài)下有益微生物數(shù)量不夠，作用力也有限。因此，采用“人為方式”向土壤中增加有益微生物數(shù)量，就能夠增強(qiáng)土壤中微生物的數(shù)量和整體活性，從而明顯提高土壤的肥力。
1、提高化肥利用率的作用。
隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實(shí)。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產(chǎn)量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學(xué)家一直在努力探索提高化肥利用率達(dá)到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨(dú)到的作用。所以，根據(jù)我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時(shí)還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。
2、在綠色食品生產(chǎn)中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質(zhì)量提高的要求，國內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)(生態(tài)有機(jī)農(nóng)業(yè))來生產(chǎn)安全、無公害的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過程中要求不用或盡量少用(或限量使用)化學(xué)肥料、化學(xué)農(nóng)藥和其它化學(xué)物質(zhì)。它要求肥料必須首先保護(hù)和促進(jìn)施用對象生長和提高品質(zhì)；其次不造成施用對象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。近年來，我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。
3、微生物肥料在環(huán)保中的作用
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟(jì)可行的有效途徑。目前已應(yīng)用的主要是兩種方法，一是將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機(jī)復(fù)合肥料；二是工廠生產(chǎn)特制微生物肥料(菌種劑)供應(yīng)于堆肥廠(場)，再對各種農(nóng)牧業(yè)物料進(jìn)行堆制，以加快其發(fā)酵過程，縮短堆肥的周期，同時(shí)還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。
4、改良土壤作用
微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類物質(zhì)，占土壤有機(jī)質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機(jī)膠體結(jié)合在一起，可以改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質(zhì)形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。