二級(jí)菌種、三級(jí)菌種質(zhì)量的鑒定大體可分為如下三方面的內(nèi)容。
其一，凡菌種瓶中出現(xiàn)被吞噬的斑塊或直接發(fā)現(xiàn)有螨類活動(dòng)，表明菌種已遭受螨類污染；凡菌種瓶中出現(xiàn)紅、黃、黑、綠等各色雜菌孢子，瓶壁出現(xiàn)兩種或兩種以上明顯不同菌絲構(gòu)成的大大小小的分割區(qū)，瓶中散發(fā)出各種腐敗、發(fā)臭等異味，都是遭受霉菌或細(xì)菌、酵母等雜菌污染的表現(xiàn)。均應(yīng)予以淘汰，并及時(shí)進(jìn)行妥善處置。
其二，凡菌種表面出現(xiàn)過(guò)厚的、致密的堅(jiān)韌的菌皮，菌柱發(fā)生萎縮、脫壁，菌絲出現(xiàn)自溶現(xiàn)象，菌種底部積存大量黃褐色液體，菌種表面及四周出現(xiàn)過(guò)多的原基或耳芽，都是菌種老化或某種生理狀況欠佳的表現(xiàn)，不宜使用。
其三，嚴(yán)格剔除上述兩類不合格菌種后，余下菌種中，符合該種食用菌的基本特征，且菌柱吃料徹底，上下長(zhǎng)透，生長(zhǎng)均勻，富有彈性者，即是合格菌種。
需要指出的是，上述二三級(jí)菌種的質(zhì)量鑒定，是針對(duì)菌種生產(chǎn)環(huán)節(jié)本身的質(zhì)量管理而言的。至于菌種的生產(chǎn)性能，即在高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)方面的表現(xiàn)如何，不能僅靠上述鑒定結(jié)果作出判斷，而必須靠出菇試驗(yàn)和栽培實(shí)踐去檢驗(yàn)和證實(shí)
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