在自然界，土壤是微生物棲息生長(zhǎng)的最適環(huán)境。土壤中存在著種類繁多、數(shù)量巨大的各種微生物，它們構(gòu)成了一個(gè)相對(duì)穩(wěn)定的生態(tài)群落。一個(gè)或多個(gè)有害的微生物種群，從外界侵人土壤并在其中大量繁衍，可以破壞原來(lái)的動(dòng)態(tài)平衡，對(duì)人類或生態(tài)系統(tǒng)產(chǎn)生不良影響。未經(jīng)處理的糞便、垃圾、城市生活污水、以及飼養(yǎng)場(chǎng)和屠宰場(chǎng)的污物等，均可帶入有害的微生物種群，造成土壤污染。其中，以傳染病醫(yī)院來(lái)經(jīng)消毒處理的污水和污物危害最烈。
污染土壤的病原微生物類同于污染水體的微生物。它們不僅危害人類健康，也嚴(yán)重地危害植物，造成農(nóng)業(yè)減產(chǎn)。例如某些植物致病細(xì)菌侵入土壤后，能夠引起番茄、茄子、辣椒、馬鈴薯、煙草、顛茄等百余種茄科植物和茄科以外植物的青枯病，也能夠引起果樹(shù)的細(xì)菌性潰瘍和根癌病。某些致病真菌則能夠引起大白菜、油菜、芥菜。蘿卜、甘藍(lán)、薺菜等一百余種栽培和野生十字花科蔬菜的根腫病，也能誘發(fā)茄子、棉花、黃瓜、西瓜等多種植物的枯萎病，菜豆、豇豆等的根腐病，以及小麥、大麥、燕麥、高梁、玉米、谷子的黑穗病等。
要防治土壤的微生物污染，必須對(duì)污染源進(jìn)行無(wú)害處理。并通過(guò)研究污染微生物在土壤以及生態(tài)系統(tǒng)中的遷移、分布和消長(zhǎng)規(guī)律，采取相應(yīng)的控制措施。
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