微生物種群鑒定測序16S/18S/ITSd的介紹與方法！
小楊 / 2024-07-01 09:11:31
一、背景及概述
微生物種群鑒定測序（16S18SITS）是基于第二代高通量技術(shù)對16SrRNA/18SrRNA/ITS等基因序列進(jìn)行測序，能同時對樣品中的優(yōu)勢物種、稀有物種以及一些未知的物種進(jìn)行檢測，獲得樣品中的微生物群落組成以及它們之間的相對豐度。
探討微生物多樣性對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源的利用有著重要的理論和現(xiàn)實(shí)意義。
二、16SrDNA測序
16SrDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，具有10個保守區(qū)域和9個高變區(qū)域，其中保守區(qū)在細(xì)菌中差異不大，高變區(qū)具有屬和種的特異性，對16SrDNA某個高變區(qū)進(jìn)行測序，用于研究環(huán)境微生物中細(xì)菌或古菌的群落多樣性。
18SrDNA測序：18SrDNA為編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，對18SrDNA某個高變區(qū)進(jìn)行測序，用于研究環(huán)境微生物中真核微生物的群落多樣性。
ITS測序：ITS分為兩個區(qū)域ITS1h和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之間，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之間。對ITS1或ITS2進(jìn)行測序，用于研究環(huán)境微生物中真菌群落結(jié)構(gòu)多樣性。
微生物種群鑒定測序（16S18SITS）方法是首先提取樣品中微生物總DNA，然后運(yùn)用PCR技術(shù)擴(kuò)增細(xì)菌基因組中的16SrDNA、真菌基因組中的18SrDNA或ITS區(qū)域，獲得絕大部分微生物16SrDNA、18SrDNA或ITS高可變區(qū)的擴(kuò)增產(chǎn)物，并構(gòu)建擴(kuò)增產(chǎn)物的文庫，利用第二代測序平臺進(jìn)行大規(guī)模高通量測序，然后比較分析測序數(shù)據(jù)，該方法最近幾年已廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)基因作物對土壤微生物群落多樣性影響的研究。
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