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腸道菌群及其活動對宿主有很大的影響，主要有以下作用：
一、生物屏障作用：正常菌群在腸道中構(gòu)成機體重要的生物屏障，維護腸道生態(tài)的穩(wěn)定，抵御外來的有害細菌。主要通過占位性保護、營養(yǎng)競爭、產(chǎn)生抗菌物質(zhì)等機制發(fā)揮屏障功能。腸道細菌和腸道黏膜上皮細胞緊密結(jié)合，形成一層膜菌群，阻礙致病菌和腸黏膜的接觸，起到了占位性的保護作用。細菌能夠競爭營養(yǎng)供給，支配和消耗營養(yǎng)來源，宿主和正常細菌之間的共生關(guān)系能夠防止不需要的營養(yǎng)物質(zhì)過度產(chǎn)生。細菌還會產(chǎn)生被稱為細菌素的抗菌物質(zhì)來抑制致病菌的生長。
二、免疫作用：腸道淋巴組織是最大的免疫細胞群，腸道粘膜是外界環(huán)境和免疫系統(tǒng)之間的主要界面，粘膜表面的細菌對宿主免疫系統(tǒng)的發(fā)育具有關(guān)鍵作用。研究表明，無菌動物的淋巴系統(tǒng)、抗體形成系統(tǒng)等免疫系統(tǒng)都發(fā)育不良，體液免疫、細胞免疫功能都低于普通動物。若外界細菌在腸道內(nèi)定植，腸道淋巴組織的構(gòu)成發(fā)生變化，腸道上皮、濾泡、粘膜固有層中的淋巴細胞數(shù)目增加，血清免疫球蛋白濃度升高。因此，正常的腸道細菌能夠刺激宿主免疫器官的發(fā)育、清除病原體、增強細胞免疫和體液免疫。
三、代謝作用：食物在消化道的消化，一方面通過消化液、腸蠕動等作用，另一方面還需要腸道細菌參與代謝過程。
四、營養(yǎng)作用：腸道菌群能合成多種維生素供宿主利用，如維生素B族、K族、葉酸等?？梢岳冒被峄蚍堑鞍椎铣砂被岷偷鞍踪|(zhì)，具有生物固氮能力?？梢源龠M吸收亞油酸、膽固醇向類膽固醇轉(zhuǎn)變和脫羥基等。能刺激腸黏膜上皮細胞的增殖，對機體消化器官的正常發(fā)育有一定作用。當腸道細菌紊亂，腸道內(nèi)微生物異常繁殖，與宿主競爭營養(yǎng)物質(zhì)，會導(dǎo)致宿主營養(yǎng)吸收變差。
五、生長、發(fā)育和老化：腸道菌群參與機體的生長發(fā)育，其組成隨著年齡增長而變化。健康嬰兒腸道菌群中，雙歧桿菌占腸道菌98%，主要為嬰兒雙歧桿菌；成年后，雙歧桿菌不僅數(shù)量減少，種類轉(zhuǎn)變成了青春雙歧桿菌；老年人的腸道內(nèi)，雙歧桿菌菌數(shù)進一步減少，甚至無法檢測到，而梭菌等硫化氫產(chǎn)生菌增加，腸道腐敗過程加快，有害物質(zhì)被吸收后，又加速了老化過程。
六、抗腫瘤作用：腸道菌群中雙歧桿菌的抗腫瘤作用最顯著，直接或間接地清除致癌物質(zhì)，使致癌物失活；抑制腸道內(nèi)腐敗菌產(chǎn)生的致癌酶；調(diào)控誘導(dǎo)腫瘤細胞的凋亡或成熟，誘導(dǎo)腫瘤細胞的老化和異質(zhì)，促進吞噬細胞的識別和捕殺；具有免疫激活作用，激活機體巨噬細胞的吞噬功能，產(chǎn)生細胞毒性效應(yīng)分子和介質(zhì)。另外，雙歧桿菌能夠通過酸化腸道來促進腸道蠕動，縮短了致癌物質(zhì)和腸道黏附的接觸時間，促進致癌物質(zhì)的排泄。