研究發(fā)現(xiàn)迄今人類微生物組中最有效的溶菌酶!
小楊 / 2024-08-19 09:09:15
百歐博偉生物:廣東工業(yè)大學(xué)生物醫(yī)藥學(xué)院教授林章凜團(tuán)隊(duì)與華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院副教授楊曉鋒團(tuán)隊(duì)合作,成功構(gòu)建了一種新型的人工智能框架——DeepMineLys,并發(fā)現(xiàn)了迄今在人類微生物組中最有效的
溶菌酶。近日,該研究成果發(fā)表于《細(xì)胞報(bào)告》。
作為概念驗(yàn)證,該研究從人類微生物宏基因組數(shù)據(jù)中識別和挖掘有治療耐藥菌潛力的
溶菌酶,標(biāo)志著人工智能在生物學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用的一個重要突破。
“DeepMineLys不僅能夠挖掘
溶菌酶,還具備挖掘蛋白質(zhì)的廣泛應(yīng)用潛力,為未來的生物學(xué)研究提供了有力工具。”論文共同通訊作者林章凜表示,DeepMineLys的成功得益于構(gòu)建了涵蓋廣泛噬菌體溶菌酶的全面訓(xùn)練數(shù)據(jù)集、集成了TAPE等先進(jìn)算法和編碼技術(shù)、采用了三層卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和雙軌架構(gòu)等幾個關(guān)鍵因素,極大提升了模型的預(yù)測性能。
在獨(dú)立數(shù)據(jù)集的驗(yàn)證中,DeepMineLys的F1分?jǐn)?shù)達(dá)到84.00%,相比現(xiàn)有方法提升了20.84%。研究人員從3個不同的人類微生物宏基因組數(shù)據(jù)集中成功識別出1000多種新的
溶菌酶,且相似度小于60%。他們從前100個候選溶菌酶中隨機(jī)選擇了16個進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,其中11個被證實(shí)具有活性,最強(qiáng)的一個溶菌酶的活性甚至比傳統(tǒng)溶菌酶高出6.2倍,成為迄今為止在人類微生物組中發(fā)現(xiàn)的最有效的溶菌酶。
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