微生物直接或間接地作用于水產養(yǎng)殖對象和養(yǎng)殖環(huán)境，很好地分解養(yǎng)殖生物排泄物、殘餌以及浮游植物殘體等有機物，同時微生物鏈在水質凈化中通過氧化、還原、光合、同化和異化作用把有機物轉變?yōu)楹唵蔚幕衔?，保證水質的正常功能，從而維持養(yǎng)殖環(huán)境生態(tài)系統(tǒng)中養(yǎng)殖生物、病原、水質間的平衡。
1，微生物在碳循環(huán)中的作用
微生物參與碳循環(huán)的轉化，主要是通過它們對各種含碳化合物，特別是含碳無氮有機物的作用而進行，其主要是常見的發(fā)酵和氧化作用。水環(huán)境表層有氧區(qū)氧化作用，底層無氧區(qū)無氧發(fā)酵作用使含碳物質轉化為二氧化碳供植物光合作用利用。
2，微生物在氮循環(huán)中的作用
養(yǎng)殖水體中的氮能促進或限制水產養(yǎng)殖生態(tài)系統(tǒng)中物質能量的轉化，也是浮游植物生長限制性營養(yǎng)元素之一。
微生物在氮循環(huán)中的作用：
?、侔被饔煤袡C物經微生物分解而產氨的過程。氨化微生物很多，包括細菌、放線菌和真菌等。
②硝化作用即氨經過亞硝酸的中間階段而氧化為硝酸的過程。硝化細菌等。
?、鄯聪趸饔眉聪跛猁}還原為較簡單的氮化物的過程。反硝化細菌等菌種。
?、芄痰饔眉词褂坞x分子氮活化而形成氮化物的作用。養(yǎng)殖水體中的某些微生物具有一些特殊的酶系統(tǒng)，能把一般生物不能利用的氮轉化為生物能利用的化合物形式，許多放線菌、真菌和藻類具有這種功能。
3，微生物在磷循環(huán)中的作用
磷作為浮游植物生長的限制性營養(yǎng)元素，其對水體初級生產力的限制作用往往比氮更強。磷以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中：溶解無機磷、溶解有機磷和顆粒磷，3種形式的轉化在微生物的作用下構成磷的一個重要的復雜動態(tài)循環(huán)。
4，微生物在硫循環(huán)中的作用
硫以3種形式存在于養(yǎng)殖環(huán)境中：氧化態(tài)-II（硫化物、硫化氫等），氧化態(tài)，氧化態(tài)+硫酸鹽。許多微生物可用硫酸鹽作為硫的唯一來源，以氧化態(tài)把它轉變成為有機的硫氫基化合物。
微生物在水產養(yǎng)殖水環(huán)境的修復中，碳循環(huán)中微生物分解有機物釋放二氧化碳，經植物的光合作用合成復雜的有機物，為底棲動物、魚蝦蟹類提供和多糖類物質；氮循環(huán)中微生物通過氨化作用、硝化作用、反硝化作用和固氮作用把含氮物質變?yōu)橛袡C氮，為水產養(yǎng)殖提供餌料和肥料等蛋白質物質，生成硝酸鹽為藻類所利用，從而降低水體中的氨氣、氨氮與亞硝酸氮，起到了凈化作用；磷循環(huán)中微生物使水中的溶解態(tài)的磷被懸浮顆粒吸咐形成顆粒態(tài)磷，經凝絮作用轉為沉淀，有效地降低了水體的磷元素，同時也為動物提供了其需要的磷元素；硫循環(huán)中在微生物的作用下產生硫酸鹽和硫化氫等，其中硫化氫對許多需氧微生物有毒作用，同時硫化氫與金屬生成沉淀，降低了有害的硫化氫，硫酸鹽可為動物提供需要的含硫氨基酸等。
因此，微生物在碳、氮、磷、硫循環(huán)中都起了非常重要的作用，它可以促進四大元素在生態(tài)鏈中轉化，保持了水產養(yǎng)殖環(huán)境的動態(tài)平衡，從而抑制有害生物，形成有益微生物菌群，分解有機物，消除有害物質（NH3、H2S、過量的N、P等），有效地凈化了水質，減少水產養(yǎng)殖動物疾病的發(fā)生，提高其成活率，促進養(yǎng)殖動物的生長。
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