節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒的知識與特點及應(yīng)用！
小楊 / 2024-01-13 08:31:45
一、背景
節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒適用于各種RNA制品的反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)以及隨后的PCR擴(kuò)增，采用M-MLV進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，能夠獲得較長的反轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。在20ul反轉(zhuǎn)錄體系和50ul PCR反應(yīng)體系中，可以一次性得到足夠量的PCR產(chǎn)物用于后續(xù)的克隆實驗。
節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒中配制的酶均為進(jìn)口的酶，RT酶采用進(jìn)口的M-MLV，因此cDNA更加穩(wěn)定。同時，該試劑盒具有高靈敏度，可以檢測到低拷貝數(shù)的目標(biāo)基因。
靈敏度高：該試劑盒能夠檢測低拷貝數(shù)或多樣性模板，這意味著即使目標(biāo)基因的表達(dá)水平很低，也可以通過該試劑盒進(jìn)行準(zhǔn)確的檢測。
特異性好：該試劑盒的引物是根據(jù)EB病毒專一區(qū)設(shè)計的，特異性高，可以確保只針對目標(biāo)基因進(jìn)行擴(kuò)增，減少非特異性擴(kuò)增的干擾。
閉管操作：該試劑盒采用一管式閉管操作，降低了交叉污染的風(fēng)險，提高了實驗的準(zhǔn)確性。
重復(fù)性好：該試劑盒的擴(kuò)增曲線重合度高，受干擾影響少，這意味著在不同的實驗中，可以得到一致的、可重復(fù)的結(jié)果。
擴(kuò)增效率高：該試劑盒的擴(kuò)增曲線Ct值低，起峰快，效率高，這意味著可以在短時間內(nèi)得到大量的目標(biāo)基因擴(kuò)增產(chǎn)物。
三、應(yīng)用
對小蓬竹不同組織中的內(nèi)生真菌使用節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒分離與鑒定。本實驗用組織塊分離法共計從180個供試組織塊中共分離得到81株內(nèi)生真菌,用組織液研磨提取法共計從120個培養(yǎng)基平板中分離得到22株內(nèi)生真菌。統(tǒng)計發(fā)現(xiàn),小蓬竹內(nèi)生真菌總內(nèi)生真菌的定殖率為47.2%,根、莖和葉定殖率分別為73.3%、35.0%和33.3%;總的分離率為45%,根、莖和葉分離率分別為91.7%、20.0%和23.3%,均為根最高,莖葉次之,呈現(xiàn)隨著植物組織的成熟程度而增加的趨勢。對分離到的103株通過經(jīng)典形態(tài)學(xué)和分子生物學(xué)方法對其進(jìn)行鑒定,分屬于1個亞門、5個綱、10個目、17個科、19個屬、31個種(含2個可能的新種),在屬的分類水平上,以節(jié)菱孢霉屬(Arthrinium)、鐮刀菌屬(Fusarium)、木霉屬(Trichoderma)、炭角菌屬(Xylaria)為優(yōu)勢菌屬,分別占菌株總數(shù)的12.62%、9.71%、6.80%。結(jié)果表明了小蓬竹內(nèi)生真菌的豐富多樣性。
通過使用節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒將小蓬竹內(nèi)生真菌多樣性及組織分布特性。在小蓬竹內(nèi)生真菌的數(shù)量和種類及分布上,不同組織中存在明顯差異并表現(xiàn)出一定的組織特異性:根中內(nèi)真菌的分離頻率最高,達(dá)到61.17%,其中鐮刀菌屬與漆斑菌屬的分離頻率最高;莖中以擬莖點霉屬、彎孢聚殼屬等為優(yōu)勢菌屬;葉片中節(jié)菱孢霉屬為優(yōu)勢菌屬。在多樣性指數(shù)方面:小蓬竹內(nèi)生真菌Shannon-Wiene和Simpson指數(shù)依次為2.800、0.932,不同組織在變化趨勢上一致,均為根最高,莖其次,葉片最低;小蓬竹內(nèi)生真菌均勻度指數(shù)E為0.604,莖為最高,根其次,葉片最低。此外,不同組織中內(nèi)生真菌菌群的相似性比較發(fā)現(xiàn)根莖的相似性最低,莖葉的相似性最高。
通過使用節(jié)菱孢霉屬通用PCR試劑盒將小蓬竹根部內(nèi)生真菌與根際土壤真菌的比較,發(fā)現(xiàn)其共同存在的真菌類群為暗雙孢屬(Cordana)、節(jié)菱孢霉屬(Arthrinium)、脈孢菌屬(Neurospora)、木霉屬(Trichoderma)、漆斑菌屬(Myrothecium),表明兩個類群之間存在密切的聯(lián)系,可能存在互相交流和傳播。另外研究發(fā)現(xiàn),在根組織分離得到內(nèi)生真菌中優(yōu)勢菌群為鐮刀菌屬與漆斑菌屬,以寄生性較強(qiáng)菌群為主;而根際土壤真菌的優(yōu)勢菌群為青霉菌屬、木霉屬、曲霉屬一類腐生性較強(qiáng)的菌群為主,說明兩個類群之間亦存在明顯差異,表明內(nèi)生真菌可能具有其他來源。
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