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生命進化一直是人們關注的熱點。Brown等依據(jù)平行同源基因構建的“Cenancestor”生命進化樹，認為生命的共同祖先Cenancestor是一個原生物。原生物在進化過程中產(chǎn)生兩個分支，一個是原核生物（細菌和古菌），一個是原真核生物，在之后的進化過程中細菌和古菌首先向不同的方向進化，然后原真核生物經(jīng)吞食一個古菌，并由古菌的DNA取代寄主的RNA基因組而產(chǎn)生真核生物。
從進化的角度看，微生物是一切生物的老前輩。如果把地球的年齡比喻為一年的話，則微生物約在3月20日誕生，而人類約在12月31日出現(xiàn)在地球上。
人類在發(fā)現(xiàn)和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的兩大界－動物界和植物界。隨著人們對微生物認識的逐步深化，從兩界系統(tǒng)經(jīng)歷過三界系統(tǒng)、四界系統(tǒng)、五界系統(tǒng)甚至六界系統(tǒng)，直到70年代后期，美國人Woese等發(fā)現(xiàn)了地球上的第三生命形式－古菌，才導致了生命三域學說的誕生。該學說認為生命是由古菌域（Archaea）、細菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所構成。在圖示“生物的系統(tǒng)進化樹”中，左側的黃色分枝是細菌域；中間的褐色和紫色分枝是古菌域；右側的綠色分枝是真核生物域。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、廣域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；細菌域包括細菌、放線菌、藍細菌和各種除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、動物和植物。除動物和植物以外，其它絕大多數(shù)生物都屬微生物范疇。由此可見，微生物在生物界級分類中占有特殊重要的地位。