一、細菌感染免疫學檢測
細菌感染后宿主體內(nèi)抗體的檢測方法有：輔助診斷腸熱癥的肥達試驗，輔助診斷立克次體病的外斐試驗，診斷鉤端螺旋體感染的顯微鏡凝集試驗等直接凝集試驗。酶聯(lián)免疫吸附試驗，膠乳凝集試驗。
細菌抗原的測定方法有：凝集試驗：玻片法凝集試驗、膠乳凝集法、協(xié)同凝集試驗、反向間接血凝試驗。免疫熒光技術(shù)：直接法、間接法。莢膜腫脹試驗。酶聯(lián)免疫吸附試驗。
非特異性凝集素的測定有：與原發(fā)性非典型性肺炎相關(guān)的冷凝集試驗；用于診斷傳染性單核細胞增多癥的嗜異性凝集試驗。
二、細菌感染的分子生物學檢測
（一）常用的分子生物學技術(shù)
1、核酸雜交
常用的雜交技術(shù)有：斑點雜交、southern印跡、原位雜交、Northern印跡等。探針的種類有全染色體DNA探針、染色體克隆片段DNA探針、質(zhì)粒DNA探針、rRNA基因探針、寡核苷酸探針等。
2、核酸擴增技術(shù)
核酸擴增技術(shù)是分子生物學中最具有重大意義的技術(shù)之一。對核酸進行擴增的方法很多，如聚合酶鏈反應（polymerase chain reaction ,PCR）、連接酶鏈反應、自保留序列擴增及Q-beta擴增等。以聚合酶鏈反應最為廣泛應用。
PCR技術(shù)在細菌的快速檢測、細菌的毒素基因檢測、細菌的耐藥性檢測及感染細菌的流行病學調(diào)查中得到日益廣泛的應用。
生物芯片是新近發(fā)展的一項對基因、蛋白質(zhì)、細胞及其他生物組分進行大信息量分析的檢測技術(shù)。常用的有基因芯片（gene chips）和蛋白芯片(protein chips)。目前正在研制和評價中。
（二）鑒定感染細菌種屬的方法
1、細菌種屬的鑒定
DNA堿基組成的測定 G+C mol%含量不同的細菌，為不同種細菌；含量相同的可能為不同種的細菌。細菌的G+C mol%相當穩(wěn)定，不受培養(yǎng)條件、菌齡和其他外界因素影響。最常用的方法是熱變性法。
DNA-DNA雜交 DNA雜交可得出DNA之間核苷酸順序的互補程度，從而推斷不同細菌基因組間的同源性。
16S rRNA同源性分析 rRNA-DNA雜交、16S rRNA序列測定、16S-23S rRNA序列測定
此外限制性內(nèi)切酶長度多態(tài)性分析（RFLP）、脈沖場凝膠電泳（PFGE）、隨機引物擴增法（RAPD）等技術(shù)常用于菌株間的差異比較。
2、細菌種屬特異基因
某些基因為細菌種特有或?qū)俟灿?，通過對這些基因的檢測可以鑒定細菌的種或?qū)佟Ｈ缇幋a吸附和侵襲上皮細胞表面蛋白的inv基因：invA、invB、invC、invD、invE等是一組只存在于致病性沙門菌中的獨特的保守基因序列。鞭毛蛋白dlh基因通常只存在于傷寒沙門菌；IS6110、IS986插入片段為結(jié)核分枝桿菌復合群所擁有等。
3、細菌毒力基因
可以測定霍亂弧菌的霍亂毒素基因、產(chǎn)腸毒素大腸埃希菌的耐熱（ST）和不耐熱腸毒素（LT）以及白喉棒狀桿菌的外毒素基因以示相應的細菌存在。
（三）細菌耐藥性的分子生物學檢測
1、β內(nèi)酰胺類抗生素的耐藥基因
青霉素結(jié)合蛋白（PBP）基因 耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是由mec A基因介導的耐藥，肺炎鏈球菌對青霉素耐藥是由于PBP基因突變而致。
革蘭陰性菌產(chǎn)生的β內(nèi)酰胺酶 由質(zhì)粒介導的β內(nèi)酰胺酶種類繁多，可以用PCR或基因探針的方法檢測和分類，如TEM、SHV、OXA、ROB型等。
2、糖肽類抗生素耐藥基因
腸球菌對糖肽類抗生素的耐藥基因由Van A、Van B、Van C等介導，測定這些基因可以預測對萬古霉素和壁霉素的耐藥性。
3、大環(huán)內(nèi)酯類抗生素耐藥基因
紅霉素甲基酶erm基因、大環(huán)內(nèi)酯類泵出基因mef A、mef E、msr A等基因參與了紅霉素的耐藥。
4、喹喏酮類抗生素耐藥基因
喹喏酮類抗生素的主要耐藥機制是由于螺旋酶和拓撲酶的突變，常與gyr和par基因突變有關(guān)。
5、分枝桿菌耐藥基因
對利福平的耐藥與rpoB變異有關(guān)，對異煙肼的耐藥與kat G和inh A有關(guān)。
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